目前有大量研究证据表明，肠道菌群直接影响肠道内促炎和抗炎反应的平衡。肠道菌群除了局部免疫反应外，还影响全身的免疫成分，与越来越多的免疫介导的炎症性疾病(IMIDs)有关。从糖尿病到关节炎和系统性红斑狼疮，肠道菌群失调和相关炎症也与癌症和心脏代谢疾病有关。然而，这种关系的机制仍然是未知的。

因为微生物依赖于肠道中的饮食底物，所以肠道微生物组通常被认为是食物发挥抗炎和促炎作用的介质。例如，动物实验证明，富含饱和脂肪、糖和盐但纤维水平低的食物通过微生物机制诱导炎症和自身免疫，如诱导T-辅助细胞17(TH17)细胞。

其他对小鼠和人类的研究表明，食品加工中添加的成分，包括膳食乳化剂、抗菌添加剂和人工甜味剂，可以通过增加粘液细菌和内毒素来促进肠道通透性和炎症。相反，大量摄入色氨酸和纤维通常会导致与结肠健康相关的免疫状态。

因为微生物在饮食基质上茁壮成长，一些科学家问我们是否可以滋养一个抗炎的肠道生态系统。为此，荷兰格罗宁根大学胃肠病学和肝病学系的专家调查了173种饮食因素与4个队列的1425人的微生物群之间的关系，旨在揭示饮食、肠道微生物群及其诱发肠道炎症的功能能力之间的相互作用。该结果发表在胃肠病学权威杂志Gut上。

研究人员选择了四个队列：克罗恩病、溃疡性结肠炎、肠易激综合征和普通人群。通过鸟枪法宏基因组测序分析肠道微生物的组成和功能。膳食摄入量通过食物频率问卷评估。进行无监督聚类以确定饮食模式和微生物区系。每个队列研究饮食和微生物特征的关系，然后进行荟萃分析和异质性评估。

结果表明，膳食结构与微生物群落之间有38种关联。此外，在对健康人和IBS、克罗恩病、UC患者的荟萃分析中，61种食物和营养素与61种微生物和249条代谢途径有关。

其中，加工食品和动物源性食品总是与丰富的厚壁菌门、布鲁氏菌属的鲁米诺球菌种和内毒素合成途径有关。另一方面，植物性食物和鱼类与产生短链脂肪酸的共生细菌和营养代谢途径正相关。

出于这个原因，研究人员确定了与在健康和疾病中具有共同功能作用的细菌群相一致的饮食模式。此外，特定的食物和营养素与推断粘膜保护和抗炎作用的已知微生物种类有关。提出了饮食影响肠道炎症反应的微生物机制，作为今后干预研究的基础。

综上所述，植物性饮食可以对肠黏膜起到保护和抗炎作用。